ในตอนเริ่มต้นของ กันดั้มซี้ดเดสทินี อัสรันได้ใช้ชีวิตหลังจากออกมาจาก ZAFT โดยการเป็นบอดี้การ์ดให้กับคางาริ ผู้นำของ Orb และแฟนของเขา โดยได้ใช้ชื่อปลอมว่า อเล็กซ์ ดิโน (Alex Dino)

แต่หลังจากนั้นอัสรันได้กลับไปที่ Plant อีกครั้ง และได้เข้าร่วมหน่วยรบ FAITH โดยได้รับหุ่นรุ่นใหม่จากประธานแพลนท์ กิลเบิร์ต ดูแรนดัล คือ ZGMF-X23S Saviour Gundamและพบกับลักส์ ไคลน์ ตัวปลอม หรือ มีอา แคมเบลล์ อัสรันได้รับคำสั่งให้ไปสนับสนุนยาน Minerva และได้รับรู้จากกัปตันยานทาเรีย กลาดิส และ ลูน่ามาเรีย ฮอว์ค ว่า "Orb ได้เข้าร่วมกับกองทัพโลก คางาริได้แต่งงาน และถูกคิระลักพาตัวไประหว่างพิธีด้วย Freedom" ทำให้อัสรันรู้ว่า คิระได้กลับมาในสนามรบอีกครั้งแล้ว

เมื่อยาน Minerva ได้เข้าร่วมสงครามกับกองทัพโลกนั้น ระหว่างที่ยาน Minerva กำลังจะยิงกองทัพ orb นั้น Freedom ได้เข้ามาขัดขวางอัสรันที่กำลังสับสนได้ค้นหาพวกคิระเพื่อพูดคุยด้วยการช่วยเหลือของ มิริอาเรีย อดีตสมาชิกยาน Arch Angel ในการพูดคุยครั้งนี้อัสรันได้รับรู้ว่า ลักส์ถูก PLANT หมายปองชีวิตซึ่งทำให้คิระยังไม่เชื่อใจ PLANT เพิ่มอีก จนทำให้ตนรู้ว่า ตนไม่สามารถเข้าใจสิ่งที่คิระคิดได้

หลังจากนั้นเมื่อ Freedom ปรากฏออกมาห้ามสงครามอีกครั้ง คราวนี้อัสรันนั้นขัดขวางคิระ ไม่ให้ทำอะไรไปได้มากกว่ามองเฉยๆและทำลายหุ่นเคออส (หุ่นรุ่นใหม่ของ ZAFT ที่ถูกกองทัพโลกขโมยไปตอนต้นเรื่อง หลังจากการปะทะคารมของสองเพื่อนรักเรื่อง ORB และคางาริ ที่อัสรันเหมือนจะพูดว่าทั้งหมดเป็นความผิดของ Orb และคางาริ ทำให้คิระใช้ SEED MODE จัดการทำลายหุ่นของอัสรันจนพัง เหลือไว้เพียง cockpit เท่านั้น

เมื่ออัสรันได้เห็นการรบของ ชินและคิระ ผลการรบนั้นทำให้หุ่นของคิระระเบิดต่อหน้าอัสรัน อัสรันที่จมปลักในความมืดได้รับรู้เรื่องราวจาก มีอา ทั้งเรื่องที่เขาเป็นเพียงทหารสำหรับประธาน PLANT และ เรื่องที่ถูกลูน่ามาเรียดักฟังการสนทนาของเขากับคิระ ทำให้อัสรันรู้ตัวว่า เขาไม่สามารถเป็นอย่างที่กิลเบิร์ตต้องการได้ และได้หลบหนีไป ซึ่งโดนเรย์และชินที่ได้รับคำสั่งมายิงตกไป

อัสรันฟื้นขึ้นมาอีกครั้งที่ยาน Arch Angel และได้พบกับคิระที่ยังมีชีวิตอยู่ และได้เข้าร่วมกับคิระอีกครั้ง และรับมอบหุ่นใหม่จากลักส์ ZGMF-X19A Infinite Justice Gundamเพื่อยุติแผนการของกิลเบิร์ตและนำสันติภาพกลับคืนมาอีกครั้ง